Существенное отличие ВМК от ФРТК: существенно меньше физики (практически 0, читается 1 курс), существенно меньше РТ (практически 0, читается уныло 1 семестр). И на мой взгляд намного лучше подготовка именно в программировании. На ВМК можно поступить (по крайней мере раньше) абсолютно не умея программировать и получить за 5 лет (особенно на кафедрах 3 потока) отличную подготовку в области CS. Сам видел много живых примеров.